Maîtrise des algorithmes en C

La bioinformatique est une discipline récente qui propose et développe des modèles, des méthodes et des outils afin d'analyser l'information biologique disponible et produire de nouvelles connaissances. C'est à ce titre une science interdisciplinaire en développement rapide, qui fait appel à des connaissances pointues en mathématique, en informatique et en biologie. Introduction à la bioinformatique est un ouvrage d'initiation. Il offre un panorama des différents outils et techniques actuellement disponibles. Il livre également des conseils pour utiliser au mieux les logiciels existants et les adapter aux besoins spécifiques du chercheur. Les différents thèmes abordés dans ce livre sont : la station de travail bioinformatique, notamment sous Linux ; les techniques de recherche d'informations biologiques sur le Web ; l'analyse et la comparaison de séquences ; les alignements multiples de séquences ; la visualisation de structures protéiques et le calcul de propriétés structurales ; la prédiction de la structure et de la fonction d'une protéine à partir de sa séquence ; les outils pour la génomique et la protéomique ; l'automatisation de l'analyse de données avec Perl ; le développement de bases de données biologiques ; la visualisation et la fouille de données (data mining). Cet ouvrage s'adresse aussi bien aux étudiants en biologie soucieux d'acquérir une approche informatique qu'aux biologistes expérimentés s'initiant à la manipulation de ces données sur ordinateur ou encore aux informaticiens possédant des connaissances de base en biologie qui souhaitent découvrir la bioinformatique.

Dernier-né de la famille Caml, Objective Caml est l'un des langages fonctionnels les plus intéressants du moment, qui allie programmation fonctionnelle, impérative, et orientée objet. Outre les avantages bien connus des langages fonctionnels, on y trouve tout ce qui fait, l'attrait des langages modernes, notamment son modèle objet original, ses fonctionnalités de multithreading, d'accès réseau, etc. Par ailleurs, le typage statique, l'inférence de type, ou le mécanisme de traitement des exceptions, combinées à une gestion automatique de la mémoire le rangent définitivement dans la catégorie des langages ultra-puissants. Cet ouvrage vous dira tout sur Objective Caml et vous permettra de réaliser des applications étonnamment efficaces : ? La partie I est consacrée au noyau du langage. Les notions étudiées débouchent sur l'écriture d'un interprète BASIC complet ou d'un jeu de " démineur ". ? La partie II aborde les outils de développement. Après avoir passé en revue les bibliothèques, les différents outils d'analyse ou l'interopérabilité avec C, on y apprend notamment à construire une interface graphique complexe. ? La partie III montre comment organiser des applications en Objective Caml. On y parle de modules et d'objets, et les applications étudiées incluent des jeux à deux joueurs comme Puissance 4 ou la programmation de robots. ? La partie IV a pour thème concurrence et répartition. Il y est donc question de threads, de pipes, et autres sockets, qui conduisent naturellement à la programmation de servlets ou au développement de clients et serveurs HTTP. Diffusé librement par ses créateurs de l'INRIA (sous licences LGPL et QPL), la distribution officielle d'Objective Caml s'installe sans difficulté aussi bien sur Unix que sur Windows. Le CD-ROM inclus dans cet ouvrage contient non seulement les toutes dernières versions (sources et binaires) d'Objective Caml, mais aussi les sources complets du livre en HTML, les solutions aux exercices, et de nombreux programmes et outils, parmi lesquels le fameux HEVEA (convertisseur LaTeX --> HTML).

Perl/TK est une extension de Perl grâce à laquelle l'interface utilisateur des programmes devient graphique. Avec Tk, les programmes Perl ne sont plus limités au mode texte mais créent fenêtres graphiques, boutons, zones de saisie, boîtes de liste, menus et barres de défilement. Tk libère le développeur du confinement de la ligne de commande et lui permet de construire des applications graphiques répondant à des événements, sous MS-Windows comme sous Unix. Cet ouvrage est destiné aux novices comme aux experts. Il présente les concepts de la programmation événementielle et détaille le meilleur mode de conception d'applications à interfaces graphiques. Il montre, étape par étape, comment implanter et configurer les éléments graphiques de Perl/Tk. Une attention particulière est portée aux gestionnaires d'espace, responsables du placement de chaque bouton, menu, étiquette et boîte de liste dans une fenêtre. Pour chacun des widgets de Perl/Tk couramment utilisés vous trouverez dans ce livre : ? une présentation générale et un exposé des utilisations courantes, avec des exemples, ? les options de configuration, ? les méthodes permettant de le manipuler ou de peaufiner son comportement, ? des exercices vous permettant de vous familiariser avec ses applications. Bien que ce livre n'enseigne pas les bases du langage, toute personne ayant écrit même le plus simple programme Perl devrait pouvoir apprendre Tk grâce à lui. Le style d'écriture, agréable et aéré, va droit au but. Ce livre est riche en illustrations montrant l'aspect de chaque élément et l'effet des options de configuration sur sa présentation. Il a été écrit pour tous les programmeurs Perl souhaitant implanter des interfaces graphiques simples et faciles à utiliser. " Cet excellent ouvrage traite au mieux de Perl/Tk. Le paragraphe de la préface faisant référence aux 'gourous' apprenant eux aussi grâce à lui s'est avéré vrai, même pour moi ". - Nick Ing-Simmons, créateur de Perl/Tk. L'édition française a été réalisée en LaTeX sous le système d'exploitation FreeBSD, à l'aide de XEmacs et d'AucTeX.

Les webmasters d'aujourd'hui cherchent non seulement à automatiser le plus possible la mise à jour de leur site, mais aussi à le rendre dynamique (les pages sont construites en fonction du comportement de l'utilisateur). Depuis l'avènement du XML, ils cherchent aussi à exploiter les qualités propres à ce format en construisant automatiquement des pages HTML complexes à partir de données extraites de sources XML les plus diverses.Ils rejoignent en cela la préoccupation de nombreux développeurs (Java notamment) à qui l'on demande de plus en plus d'automatiser la production de pages HTML à partir de données XML.XSLT est le principal langage dédié à la transformation des données XML. Bien que tous les langages de programmation soient capables de manipuler des sources de données XML, les traitements un peu complexes deviennent vite très lourds à gérer. Aujourd'hui, même si on peut envisager de transformer du XML en n'importe quoi, 90% des applications de transformation de données XML ont pour but d'obtenir des documents HTML, autrement dit, des pages Web. L'auteur de Pratique de MySQL et PHP met ses qualités pédagogiques au service d'un sujet brûlant chez les professionnels de l'informatique. Les auteurs envisagent progressivement toutes les applications possibles de la transformation du XML en (X)HTML. Ainsi, dès le premier chapitre, les auteurs exposent des techniques simples de fusion de documents qui ne sont même pas évoquées dans les derniers chapitres des livres concurrents.Au milieu du livre, les chapitres plus théoriques s'éloignent le moins possible des besoins réels, et débouchent sur une étude de cas de très haut niveau, aisément transposable, en partie ou intégralement,dans tout système d'information moderne. Pour illustrer la coopération entre XSLT et d'autres langages, les auteurs ont choisi Java, ce qui ne manquera pas de séduire les développeurs professionnels. C'est également le choix qu'on fait les membres du groupe Apache pour les serveurs d'applications basées sur leur fameux serveur web. Mais les autres langages ne sont pas écartés, et les adeptes de Perl ou de PHP ne seront pas oubliés. Cet ouvrage a tous les atouts pour devenir pendant plusieurs années le livre de référence sur le sujet, conseillé officiellement par les enseignants et officieusement par le bouche-à-oreille.